A ses côtés, Anne eut aussi la chance de pouvoir s’appuyer sur son mari, Pierre II de Beaujeu, qu’elle avait épousé en 1473. Malgré sa jeunesse, Anne de France se révéla tout à faire à la hauteur des attentes de son père.
Louis XI était à peine mort que déjà des princes, sous la conduite du duc Louis d’Orléans - époux de Jeanne de Valois, la sœur cadette d’Anne, cousin du roi et futur Louis XII - rentraient en conflit avec Anne en exigeant de gouverner. Pour tenter de se les concilier elle sacrifia deux conseillers de son père, Jean Doyat et Olivier Le Daim. Puis, composant avec eux, elle chercha à les amadouer : Jean II, duc Bourbon –frère de Pierre de Beaujeu- fut fait connétable ; François de Dunois gouverneur du Dauphiné et Louis d’Orléans, en plus du gouvernement militaire de Paris reçut une pension de vingt quatre milles livres. Mais le duc d’Orléans n’en démordait pas : il voulait gouverner !
Il en appela aux Etats Généraux qu’Anne convoqau pour asseoir son pouvoir face aux princes. A cette occasion, et pour la première fois, ceux qui n’étaient ni de la noblesse, ni du clergé, le « estat commun », furent nommés « tiers état ». Convoqués à Tours le 15 janvier 1484, les députés siégèrent deux mois au terme desquels ils s’en remirent à la sagesse du roi, c’est à dire à la Régente. Le duc d’Orléans eut beau continuer à revendiquer la garde de Charles VIII en entrainant derrière lui la noblesse bretonne, il fut vaincu.
Dans un même temps, Anne réussit à mettre au pas de grands féodaux qui s’agitaient dans le sud-ouest du royaume et à préparer le rattachement de la Bretagne à la couronne de France par le mariage du roi avec la duchesse Anne de Bretagne. Ainsi parachevait-elle l'expansion territoriale accomplie par Louis XI.
Mais Charles VIII se lassa de la tutelle de sa sœur. Pour bien marquer son autorité, il libéra le duc d’Orléans, qu’Anne avait fait prisonnier en 1488, auquel il rendit son domaine de l’Orléanais et donna le gouvernement de Normandie.
Anne comprit et se retira discrètement dans le Bourbonnais. A la mort de Pierre de Beaujeu, elle continua d’administrer les terres des Bourbons, s’opposant aux empiétements royaux. Sous François Ier, elle prit le parti de son gendre, Charles de Montpensier, connétable de Bourbon, le poussant à s’allier à Charles Quint. Elle lui légua tous ses biens.
Anne mourut à Chantelle (Allier). Elle fut inhumée dans la chapelle neuve du prieuré de Souvigny auprès de son mari et de sa fille, Suzanne (1491-1521), mariée à Charles III de Bourbon.
Miraculeusement, les sépultures du prieuré de furent pas profanées durant la Révolution.
En 1840, un état des lieux fut ordonné par Louis-Philippe. On trouva son cercueil reposant à même le sol. Il était aplati, plié en deux et brisé en plusieurs endroits. Une partie des ossements était éparse sur le sol. Le cercueil n’étant pas réparable, on en fabriqua un nouveau en chêne dans lequel on déposa la petite bière de plomb contenant ses restes. L’ensemble, posé sur une dalle en pierre de Volvic, fut mis à son ancien emplacement. Les gisants de cette chapelle sont ceux de ses beaux-parents Charles Ier de Bourbon et Agnès de Bourgogne.