Appelé par Brissot pour remplacer Danton au ministère de la Justice, Garat, qui ne souhaitait déplaire à personne, se retrouva régulièrement le fondement coincé entre deux chaises. Parmi ses multiples embarras on se rappellera de ses égards envers Louis XVI à qui il notifia sans émotion son arrêt de mort et son exécution pour le lendemain à laquelle il assista sans broncher.
Passé peu après au ministère de l’Intérieur mais totalement dépassé par les évènements, il fut incapable de prévoir et de contrôler les mouvements populaires. Toujours soucieux de ménager la chèvre et le chou, en l’occurrence les Montagnards et les Girondins qui le détestaient pareillement, il laissa arrêter vingt-deux députés girondins. Bien que protégé par Danton, à l’éviction de ce dernier du Comité de salut public, il jugea plus prudent de démissionner de son ministère. Accusé d’avoir voulu affamé Paris, dilapidé les fonds publics, etc. il fut arrêté mais échappa à une inculpation. Si l’attitude de cet « eunuque politique » inspirait le mépris, il faut admettre qu’elle lui permis d’échapper aux pires heures de la Terreur en se faisant plus petit qu’une souris.
Après la chute de Robespierre, il travailla comme professeur d’idéologie ou de philosophie. Ambassadeur sous le Directoire, membre du Conseil des Anciens, l'Empire le fit sénateur. Fait comte d’Empire par Napoléon Ier, qui pourtant méprisait « cet enfileur de mots », Garat, fidèle à lui-même, s’opposa sournoisement à l’Empereur et se rapprocha de Louis XVIII. Pour une fois sa lâcheté lui revint en pleine figure : élu à l’Académie française en 1803, il en fut exclu en 1816. Il se retira alors dans sa terre natale pyrénéenne.
On raconte qu’avec l’âge il devint de plus en plus bougon et de plus en plus renfermé. On raconte aussi que dans un tiroir étaient déposées les lunettes qui lui avaient servi pour lire la sentence au roi. Remords, fétichisme ? Le tiroir était interdit. Mais un jour, le curé local, familier de la maison, osa franchir l’interdit. Il ouvrit le tiroir, trouva les lunettes et les chaussa. Lorsque Garat s’en aperçut, il s’écria « Les lunettes de la sentence !» et s’écroula, raide mort.
La chapelle Garat, où notre personnage fut inhumé, serait la plus ancienne chapelle funéraire du Pays-Basque. Sur son fronton on peut lire : "Ci-gît, le comte Joseph Dominique Garat, né le 9 décembre 1749, membre de l'Académie française dans les plus hautes fonctions de l'État il servit sa Patrie par ses talents et son exemple. Recommandable par la noble simplicité de ses mœurs, il chérissait, comme sa famille, les Basques, ses compatriotes. Son épouse et son fils s'interdisent tout éloge de ses éminentes qualités qu'il couvrit du voile de la modestie durant sa longue mais trop courte carrière. Qu'il repose dans l'éternité."
Cet article est aussi l’occasion d’évoquer une ancienne tradition basque consistant à avoir sa chapelle sépulcrale attachée à sa maison où les propriétaires se faisaient enterrer.
Ainsi, les Garat avaient-ils leur chapelle accolée à leur domicile comme on peut le voir sur l’une des photos qui suit.
Bien que préservée par la commune, la sépulture présente, comme figée dans le temps, la même allure poussiéreuse rendant difficile la lecture des inscriptions.