Toutefois, Henry VIII étant toujours marié à Catherine d’Aragon, s’engagea alors une véritable course contre la montre pour légaliser la situation. Catherine avait tout juste bouclé ses valises, quand sa rivale s’installa officiellement auprès du roi.
Elle fut sacrée reine alors que Catherine l’était encore ! Mais après trois ans, Anne n’avait toujours pas donné d’héritier mâle vivant à son mari qui, fidèle à lui-même, s’intéressait de très près à l’une de ses dames d’honneur : Jane Seymour.
Profitant de la position de faiblesse de la reine, certains courtisans toujours prompts à nuire à cette reine protestante et de surcroît illégitime à leurs yeux, prétendirent que la souveraine s’adonnait à la sorcellerie pour empêcher Henry d’avoir un héritier mâle et que le garçon mort né qu’elle venait de perdre n’était que la punition divine pour sa relation incestueuse avec son frère George Boylen dit Lord Rochford.
Question de s’assurer que la tartine de la perfidie était bien beurrée, ils rajoutèrent une couche en chuchotant les noms d’amants présumés. Les crimes d'adultère, d'inceste, d'hérésie, d'entreprises contre la vie du roi et de haute trahison, dont on l’accusait et qui arrangeaient Henry, se soldèrent par la condamnation à mort d’Anne et de son frère qi fut exécuté deux jours avant elle, le 17 mai. Presque six ans plus tard, sa femme, Lady Rochford, connut le même sort (► Catherine Howard).
Face aux deux mille nobles et notables réunis pour son exécution, Anne, toujours spirituelle, s’écria : « Le roi a été bien bon pour moi. D’une simple jeune fille il a fait une marquise. Puis il m’a hissé au rang de reine. Aujourd’hui, il m’élève au rang de martyr ». Le bourreau, venu spécialement de France à la demande de la suppliciée, lui coupa alors la tête en un seul coup.
Le gouvernement refusa de lui fournir un cercueil décent : son corps et sa tête furent alors placés dans une caisse de flèches et inhumés dans une tombe anonyme dans la chapelle de St Peter ad Vincula dans l'enceinte de la tour de Londres où l'attendait George. Sa consolation sera d’assister de l’au-delà au règne brillant de sa fille, Elisabeth Ire. Son corps fut un de ceux qui purent être identifiés lors de la restauration de la chapelle sous le règne de la reine Victoria : son lieu de repos éternel est maintenant signalé dans le marbre du sol.L’emplacement de sa sépulture est régulièrement fleuri au moment de l’anniversaire de sa mort.