Comme son frère César, sa carrière précoce fut luxueusement dotée ; d’autant plus qu’il épousa Maria Enriquez, la riche duchesse de Gandie (en Espagne), cousine du roi Ferdinand d’Aragon.
Excepté gérer son ambition démesurée, comme celle de son père à travers lui, Juan n’était pas d’une grande consistance. A la cour d’Aragon son attitude ressemblait davantage à celle d’un méchant vaurien qu’à celle d’un prince. César enrageait de voir son cadet s’acheminer vers les rangs les plus élevés. Il haïssait ce fils chéri de son père.
Aussi, quand Alexandre VI organisa les événements de façon à ce que Juan devienne un jour roi de Naples, César vécut-il cette décision comme une provocation insoutenable. Les foudres de sa jalousie étaient prêtes à s’abattre.
Après un dîner chez leur mère, Juan disparut. Angoissé par l’absence de son fils, Alexandre VI mit tout Rome sur le pied de guerre.
Frappé par de nombreux coups de dague, le cadavre de Juan fut retrouvé noyé dans le Tibre là où l’on jetait les ordures. Le pape, anéanti par la mort de son fils, lui réserva des funérailles solennelles. Le cortège funèbre était impressionnant.
Son corps fut porté sur une civière jusqu’à l’église « au milieu d’un cortège illuminé de près de deux cents torches » dans la chapelle Costa où Vannoza Caetani souhaitait elle-même reposer. On raconte que son visage dans la bière sembla tellement beau que Michel-Ange s’en inspira pour sa célèbre Pietà.
Son épouse lui fit édifier un somptueux mausolée et prit le voile en 1509 au monastère des pauvres Clarisses de Gandie où elle mourut en 1537.
Il était le grand-père de saint François Borgia.