Après la mort de son frère Juan, les langues se délièrent peu à peu et bientôt Alexandre VI n’eut plus de doute : César était bien le fratricide. Il y aura beaucoup d’autres crimes, tels ceux de Perroto, amant passager de sa sœur Lucrèce et Alphonse d’Aragon, son second mari, qui viendront nourrir autant sa réalité que sa légende.
De la vie du personnage n’excluons pas non plus les tractations matrimoniales !
Afin de pouvoir épouser Charlotte d’Aragon, la fille du roi de Naples, César quitta la carrière ecclésiastique et partit pour la cour de France où sa promise était éduquée. Celle-ci lui ayant refusé sa main, on lui proposa un autre beau parti, Charlotte d’Albret, qu’il épousa lui donnant ainsi accès à des revenus issus de ses nouvelles possessions territoriales françaises.
En cette époque troublée, César se distingua aussi dans différentes campagnes dont il ressortit comblé d’honneurs qui le poussèrent encore davantage dans sa détermination sans failles à s’élever: « A vingt-cinq ans il a goûté à tous les plaisirs, a surmonté toutes les épreuves et a utilisé le crime pour assouvir son ambition ».
César, présent au fatal dîner qui mena son père de vie à trépas, fut lui-même atteint de fièvre. A la mort d’Alexandre VI et malgré sa faiblesse, il « préleva » une partie du trésor pontifical. Ce fut sa dernière main mise sur un bien quelconque car, en mourant, son père avait sonné l’heure du déclin et le glas de ce grand seigneur.
Les vieux ennemis se réveillaient. Les Orsini voulaient sa mort. Et puis il y avait le pire de tous: Julien della Rovere, successeur de Pie III sous le nom de Jules II, aussi intelligent que retors et pour qui un bon Borgia était un Borgia mort ou broyé. Pourtant, César, de façon surprenante, lui accorda sa confiance. Ce qu’il regretta amèrement.
Trahi, emprisonné, libéré puis de nouveau captif, les foudres de la vengeance de ses ennemis le poursuivant, le Valentinois semblait d’autant plus fini qu’il fut livré aux souverains d’Espagne qui n’avaient pas oublié son alliance avec la France. Après un procès et une longue captivité à Medina del Campo, il s’évada et se réfugia à Pampelune chez son beau-frère, Jean de Navarre.
Ses biens confisqués en Italie, il eut de nouveau l’espoir de refaire sa fortune auprès du roi de France Louis XII. Mais celui-ci, ne lui pardonnant pas certaines actions allant contre les intérêts français en Italie, lui supprima tous les revenus qu’il était en droit d’attendre de ses fiefs français. César, dépossédé de tout, n’avait plus que son désir de vengeance pour nourrir ses ardeurs.
Ah ! On le reniait, on l’excluait, on le piétinait, on le méprisait. Ils allaient voir, tous ceux qui venaient de tant lui nuire, de quel bois se chauffait un César Borgia qu’on humilie.