Le 13 thermidor il entrait au Comité de salut public et le 26 faisait libérer Thérésa qu’il épousa ce qui contribua à le discréditer. Des voix se faisaient entendre pour rappeler que Tallien avait été un terroriste bon teint. Pour faire oublier un passé récent, il appuya la réaction thermidorienne en provoquant la mise en accusation de Fouquier-Tinville, Carrier et Le Bon.
Commissaire de la Convention à l’armée de Lazare Hoche en Bretagne, il fit fusiller les prisonniers royalistes de Quiberon… Délaissé par sa femme, il réussit à faire partie de l’expédition de Bonaparte en Egypte, mais fut capturé par les Anglais sur le chemin du retour. A son retour en France, Thérésa avait demandé le divorce et était devenue la maîtresse de Barras. Napoléon eut quelque pitié et le nomma consul à Alicante en 1804. Mais malade, il rentra à Paris. Napoléon lui conserva sa pension, ce qui ne l’empêcha pas de dire qu’il avait été persécuté durant l’Empire.
Louis XVIII lui garda sa pension. Durant les Cent-Jours, Tallien signa l’acte additionnel. Condamné à l’exil comme régicide, son état de santé le sauva de la proscription. Atteint de lèpre éléphantiasique, il ne pouvait quitter le territoire.
Quatre ans plus tard, Jean-Lambert Tallien mourait dans la misère, méprisé et oublié de tous. Sa fille unique, la comtesse de Narbonne-Pelet, ne semble pas avoir été émue par le sort de son père.
Il fut inhumé au cimetière du Père-Lachaise où l’emplacement de sa tombe finit par disparaître. Retrouvé en 1932, on érigea un monument permettant de repérer le petit pavé lui servant de pierre tombale. On y grava un article extrait de l’Ami des citoyens du 5 octobre 1791.