Candidat à Paris pour un siège à la Convention, il en fut écarté par Marat qui le présenta comme « un intrigant cupide qui cherche des places ». Tallien se consola avec son élection en Seine-et-Oise. Au procès du roi, il se signala par sa violence s’opposant à ce qu’on lui accordât des conseils !
Après avoir intégré les rangs des Montagnards, il fut envoyé en mission à Bordeaux pour y rétablir l’ordre. Il y arriva en octobre 1793 et y donna toute sa mesure : il fit y fit régner un régime de Terreur. Pour faire expier ses « crimes » à la ville, il fit rebaptiser le département de la Gironde en Bec d’Ambès. Sous menace de livrer aux flammes les cités récalcitrantes, il poursuivit une politique de réquisitions insensées.
Malgré ses excès l’Assemblé qualifia son action de « modérantisme »…A cause de qui ? A la Cabarrus, une femme divorcée de l’ex-noble Fontenay avec laquelle Tallien avait des relations intimes : telle était l’accusation d’Héron.
Il est vrai que Tallien éprouvait une véritable passion pour la belle Thérésa Cabarrus et qu’il n’était pas peu fier de cet assortiment peu probable. Il est vrai que sous son influence il calmait ses ardeurs. Ce ton adoucit vis à vis de la contre révolution déplut fortement à Robespierre qui le dénonça comme prévaricateur et fit arrêter Thérésa. Fureur de Tallien qui, affolé du sort réservé à sa maîtresse, se rangea avec les adversaires de l’Incorruptible ! Et le 9 thermidor, on put compter sur lui pour être l’un des plus audacieux contre Robespierre. Très théâtral, devant un buste de Brutus, il n’hésita pas à brandir un poignard à la tribune en annonçant qu’il le plongerait dans le cœur de Robespierre si on ne le décrétait pas d’accusation ! Ainsi rentra-t-il dans l’histoire comme la cheville ouvrière de la chute de Maximilien. Le 13 thermidor il entrait au Comité de salut public et le 26 faisait libérer Thérésa qu’il épousa ce qui contribua à le discréditer. Des voix se faisaient entendre pour rappeler que Tallien avait été un terroriste bon teint. Pour faire oublier un passé récent, il appuya la réaction thermidorienne en provoquant la mise en accusation de Fouquier-Tinville, Carrier et Le Bon.
Commissaire de la Convention à l’armée de Lazare Hoche en Bretagne, il fit fusiller les prisonniers royalistes de Quiberon… Délaissé par sa femme, il réussit à faire partie de l’expédition de Bonaparte en Egypte, mais fut capturé par les Anglais sur le chemin du retour. A son retour en France, Thérésa avait demandé le divorce et était devenue la maîtresse de Barras. Napoléon eut quelque pitié et le nomma consul à Alicante en 1804. Mais malade, il rentra à Paris. Napoléon lui conserva sa pension, ce qui ne l’empêcha pas de dire qu’il avait été persécuté durant l’Empire.
Louis XVIII lui garda sa pension. Durant les Cent-Jours, Tallien signa l’acte additionnel. Condamné à l’exil comme régicide, son état de santé le sauva de la proscription. Atteint de lèpre éléphantiasique, il ne pouvait quitter le territoire.
Quatre ans plus tard, Jean-Lambert Tallien mourait dans la misère, méprisé et oublié de tous. Sa fille unique, la comtesse de Narbonne-Pelet, ne semble pas avoir été émue par le sort de son père.
Il fut inhumé au cimetière du Père-Lachaise où l’emplacement de sa tombe finit par disparaître. Retrouvé en 1932, on érigea un monument permettant de repérer le petit pavé lui servant de pierre tombale. On y grava un article extrait de l’Ami des citoyens du 5 octobre 1791.