Mais au bout de cinq jours le petit roi décéda. Sa disparition était si opportune que la rumeur parla d’empoisonnement. L’auteur désigné ? Mahaut d’Artois, belle-mère de Philippe de Poitiers, dorénavant souverain sous le nom de Philippe V. Une fois son gendre sur le trône, Mahaut pouvait espérer qu’il lui attribue définitivement l’Artois revendiqué par son neveu, Robert d’Artois.
De là naquit la légende dont se saisit avec brio Maurice Druon dans les Rois maudits : Jean Ier ne serait pas mort, mais substitué au berceau, afin de protéger sa vie, par le cadavre d’un autre nourrisson. Grâce à la complicité de banquiers lombards, il aurait vécu en Italie sous le nom de Jean de Gucio. Il est vrai que des années plus tard, un homme du nom de Giannino Baglioni prétendit être Jean Ier et donc l'héritier de la couronne. Des recherches récentes démontreraient que les faux papiers de Giannino Baglioni avaient été fabriqués par le fameux Cola di Rienzo qui, de son côté, tentait de se faire reconnaître comme le fils illégitime d’Henri VII de Luxembourg. En poussant le faux Jean 1er à réclamer le trône de France, il espérait renforcer son pouvoir sur Rome… si l’escroquerie avait fonctionné. Mais Cola di Rienzo fut assassiné. Giannino Baglioni, attendit deux ans avant de faire part officiellement de ses prétentions. Il se présenta à la Cour de Hongrie où le roi Louis Ier, neveu de Clémence de Hongrie, le reconnut comme le fils de sa tante et de Louis X.
Fort de cette « légitimité », Giannino alla en Avignon voir le pape Innocent VI qui refusa de le recevoir. Après d’autres vaines tentatives pour se faire reconnaître, il fut arrêté et emprisonné à Naples où il mourut en 1363.
Néanmoins, la crise dynastique provoquée par les disparitions prématurées de Louis X et de Jean Ier eut de graves conséquences. La réinterprétation d’articles du code Franc Salien concernant le droit des femmes à hériter de terres, les excluait donc d’un droit à la couronne. Cette loi des mâles contribua au déclenchement de la guerre de Cent Ans. Pourquoi ?
Quant au petit prince, on déposa sa dépouille dans un coffret si minuscule qu’on renonça à le placer sur un char pour le poser sur le bât d’une mule. Ce fut sans aucune autre cérémonie, sans passer par Notre-Dame que le poignant cortège se dirigea directement vers la basilique Saint-Denis où il fut inhumé aux pieds de son père dans un petit cercueil de pierre en forme d’auge.
Après les profanations révolutionnaires, son gisant récupéré fut placé en statue debout. Et dans la première moitié du 19ème siècle, il n’était pas rare de voir des femmes embrassant en baignant de larmes l’évocation du bébé roi…
Lors d'aménagements ultérieurs, il retrouva une place plus cohérente parmi des Capétiens, aux pieds du gisant de son père et près de celui de sa demi-soeur, Jeanne de Navarre.