Un malheur n’arrivant jamais seul, vers la même époque, il fut atteint par une forme de lupus (lésion dermatologique de la région faciale) dont la progression ne put être enrayée que par des cautérisations qui le défigurèrent. Longtemps cloîtré chez lui, désormais il n’existait plus pour lui que le travail et les livres. Il publia, quasi exclusivement au Mercure de France, une œuvre vaste et abondante, composée de romans, de pièces de théâtre, de recueils de poésie et surtout d'essais qui témoignaient d'une profonde érudition. Egalement critique littéraire, il fit partie des grands admirateurs d'Honoré de Balzac. Après le lupus, il fut victime d’une ataxie locomotrice qui, empirant, rendait la marche de plus en plus difficile. La Première Guerre mondiale le plongea dans un profond abattement : pour la plupart ses amis étaient partis pour le Front et Le Mercure fut fermé pendant un an. Il publia encore quelques articles dans des journaux comme La France et La Dépêche de Toulouse avant de s’éteindre d’une congestion cérébrale, enfin libéré de ses souffrances.
Bien avant tous ses problèmes de santé, il avait fait la connaissance de Berthe de Courrière qui lui avait commandé une étude sur Auguste Clésinger. Ils devinrent amants et Berthe lui resta toujours dévouée en l'accuaillant chez elle jusqu'à sa mort.
Au décès de l’écrivain, elle hérita de tous ses manuscrits et de sa bibliothèque qu'elle transmit au frère de celui-ci, Jean de Gourmont, lorsqu'elle mourut à son tour moins d'un an plus tard. Celui-ci s'attacha, pendant près de dix ans, à publier de nombreux inédits. Mais qui connaît encore Rémy de Gourmont ?
Quoiqu'il en soit, il sembla tout naturel que Remy de Gourmont soit inhumé dans la même sépulture que Clésinger.