Rajoutons que ce « supposé » amant de la reine Margot, et de bien d’autres, était de surcroît doué pour les vers et la littérature, et l'on comprendra que Bussy d’Amboise avait d’office sa place dans la postérité que sa mort allait lui apporter.
Si le duc d’Anjou le comblait de ses bienfaits, Henri III, qui avait de bonnes raisons de se plaindre du personnage, souhaitait sa chute. Non seulement il avait aidé son cadet à s’enfuir du Louvre où ce trublion était retenu suite à un complot contre sa personne, mais il avait aussi la fâcheuse habitude de provoquer ses mignons. Henri III le considérant comme responsable du duel où Caylus et Maugiron furent tués, Bussy trouva plus prudent de quitter la cour.
Son arrogance allait néanmoins causer sa disgrâce puis sa perte qu’attendaient avec impatience les autres favoris de Monsieur.
Ce ne fut pas grand chose, un simple trait d’esprit qu’il s’autorisa au détriment de Monsieur. Du haut de sa position, Anjou ne pardonna pas. C’est ainsi que pour se venger, il aurait montré à Henri III une lettre de Bussy dans laquelle ce dernier se vantait d’avoir tendu des rets à la comtesse de Monsoreau, nièce du maréchal de Matignon. Celle-ci, peu sensible aux assiduités du soupirant en aurait avisé son époux. Un époux offensé ! Une aubaine pour Henri III qui soulagea la conscience du comte de Monsoreau en lui faisant comprendre qu’il fermerait les yeux sous toute forme de vengeance.
Par une belle nuit d’été, Bussy se présenta dans la demeure de la dame de ses pensées sans se douter qu’il allait en fait courtiser la mort. Le guet-apens, dont la comtesse était complice en lui ayant fixé le rendez-vous, était bien tendu. Bussy, homme de toutes les aventures, fut simplement assassiné par les hommes d’un cocu présomptif.
Pendant que la reine Margot pleurait sa disparition, l’Anjou fêtait la mort de celui qui, par la grâce de Monsieur, était devenu leur gouverneur et dont les capitaines et soldats avaient tant pillé la région.
Bien avant les romantiques et Alexandre Dumas, Pibrac et Agrippa d’Aubigné avaient déjà instauré l’image d’un Bussy d’Amboise amoureux héroïque.
Louis Bussy d’Amboise fut inhumé en l’abbaye bénédictine Saint-Pierre de Bourgueil-en-Vallée, dont le duc d’Anjou l’avait fait abbé commendataire en 1578. Ruinée à la Révolution, trois groupes de bâtiments datant d’avant 1789 existent encore. A priori, il ne reste rien de sa tombe.