Nommé membre de la commission intermédiaire chargée de rédiger la nouvelle Constitution, Bonaparte, soucieux de se rallier les royalistes modérés, le choisit comme troisième consul pour former le Consulat avec lui-même et Cambacérès. Contacté par Louis XVIII pour rétablir la monarchie, Lebrun, convaincu qu’un roi ne sauverait pas la patrie, refusa .
Considéré comme un spécialiste des questions budgétaires et financières, il s’occupa de leurs réorganisations. Rien n'importait plus au troisième consul que l'efficacité et fut donc un des acteurs-clé des réformes Consulat. Devenu l’un des six grands dignitaires de l’Empire avec le titre purement honorifique d’architrésorier d’Empire, il fut créé duc de Plaisance (1806). L’année suivante, s’étant vainement opposé à la suppression du Tribunat, il décida de se retirer de la vie politique. Malgré tout, il accepta d’organiser l’annexion du royaume de Hollande en 1810 avec le titre de lieutenant-général de l’Empereur puis celui de gouverneur général des nouveaux départements.
En 1814, s’il ne vota pas la déchéance de Napoléon, il accepta la pairie de Louis XVIII qui, n’ayant guère apprécié qu’il soit grand-maître de l’Université durant les Cent-Jours, l’en priva au second retour des Bourbons. Elle ne lui fut rendue qu’en 1819.
De toute façon, âgé, Lebrun ne souhaitait plus jouer de rôle de premier plan. Il se retira dans son domaine de Saint-Mesme, près de Dourdan où il reprit l'étude des grands classiques qui l'avait tant passionné avant la Révolution ne faisant que quelques apparitions à l'Institut dont il était membre. Bientôt on ne parla plus de lui.
Homme discret et honnête, même si Bonaparte le jugeait "insatiable aux honneurs", à Sainte-Hélène, il allait le décrire comme "sage, modéré, capable (...), froid, sévère". Il le qualifia même de "tuteur fort précieux", pensant sans doute aux leçons d'économie politique et de finances publiques que Lebrun lui dispensa sous le Consulat.
Sans ambition dévorante ni intrigue, il était arrivé aux plus hautes marches d l’Etat.
Pourtant, à regarder sa tombe on pourrait penser qu’il faisait preuve de bien plus d’ostentation. Sorte de mini acropole dominant la 5ème division du Père-Lachaise, son mausolée ne passe pas inaperçu et fut longtemps l’un des plus visités du cimetière.
Conçu par l’architecte Henri van Cléemputte (1792-1858), le monumentest surmonté d’un fronton porté par huit colonnes. Au-dessous, un sarcophage décoré de bas-reliefs en marbre, œuvre du sculpteur Michel Channeboux, rappelle quelques unes de ses hautes fonctions.