Il faut dire que comme bon nombre des contemporains de la Révolution, ses opinions affichées s’adaptèrent à la marche des évènements.
Et malgré son arrestation (sept. 1793), pour corruption d’un gendarme et en dépit de l’exécution des Girondins, il fut maintenu en place par Robespierre. Impliqué dans l’affaire du suspect duc du Châtelet, il s’enfuit en Suisse. Après Thermidor, il réalisa d’importants bénéfices en spéculant sur les biens nationaux confisqués aux émigrés.
S’étant rapproché de Talleyrand, il devint le banquier des agents secrets de la diplomatie assez particulière et cloisonnée par le nouveau ministre des Relations extérieures. Suspecté d’appartenir au parti clichyste qui préparait un coup d’État pour mettre Louis XVIII sur le trône, en dépit de sa mise sous surveillance du ministre de la Justice, Claude Régnier, Bonaparte le nomma sénateur en reconnaissance de son aide financière apportée au coup d’Etat du 18-Brumaire qu’il pensait marquer un retour progressif de la monarchie constitutionnelle en France…
Chargé par le Premier Consul de la création d’un établissement financier « indépendant », il devint le premier président du conseil de régence de la Banque de France lors de sa création, le 18 janvier 1800. Néanmoins, se méfiant du personnage, Bonaparte lui refusa le titre de gouverneur qu’il accorda à Crétet.
Son réseau amical et relationnel, notamment les Anglais grâce à son mariage, lui avait permis, tour à tour, de sauver sa tête à plusieurs reprises puis de se maintenir.
Intelligent, séduisant, aimant la reconnaissance, l’argent et les femmes, le plus mondain des banquiers mourut dans son magnifique château de Viry-Châtillon après des crises de délire peut-être dues à la syphilis.Il fut directement inhumé au Panthéon.
De son union avec Adélaïde Harenc de Presle (1757 – 1794), belle, distinguée, fille d’un homme d’argent fortuné et d’une anglaise, union qui était une belle opération pour Perrégaux, il eut deux enfants :
Alphonse Perrégaux et Anne Marie Hortense qui épousa Auguste Frédéric Louis de Viesse de Marmont, duc de Raguse.