Arrêté malgré tout, il fut incarcéré à la prison de l’Abbaye (abbaye Saint-Germain-des-Prés). Quelques jours avant les massacres de Septembre, Montmorin avait été défféré devant un tribunal qui l’avait acquité. Mais le peuple, qui voyait en lui un des chefs de la « conspiration royaliste », avait protesté avec une telle violence que Danton l'avait fait ramener à l'Abbaye.
Les massacres étaient déjà bien entamés quand, la nuit tombée, à la lueur des torches, il fut traduit devant le « tribunal » de l’Abbaye. Cette fois, c’était l’affreux Maillard qui présidait aux destinées des prisonniers.
Comme à chaque fois, une formule était prononcée pour signifier la mort du prévenu sans que celui-ci soit censé comprendre. A l’Abbaye, malheur à celui qui entendait « A la Force ». Ces mots signifiaient que derrière la porte que la victime allait franchir, s’imaginant peut-être qu’elle serait vraiment transférée à la prison de la Force, l’attendaient un groupe de massacreurs.
Montmorin, dédaigneux, récusant ses juges, s’entendit répondre par Maillard: « Soit, vous irez à la Force ». Ultime trait d’humour ou réelle crédulité, Montmarin demanda de s’y rendre en voiture ! « Vous allez l’avoir » aurait répondu Maillard. Très digne, Montmorin passa la porte et fut immédiatement percé de coups.
Le 10 mai 1794 sa femme et son fils Hugues Calixte furent décapités avec Mme Elisabeth. Une des ses filles mourut à l’archevêché devenu hôpital des prisons. Une autre de ses filles, qui survécut, se maria et divorça du comte de Beaumont, c’était la Pauline de Beaumont si chère au cœur de Chateaubriand. La très grande majorité des victimes des massacres de Septembre, sauf exception précisée, fut inhumée dans les Catacombes et recouverte d’un lit de chaux. Aucune exception spécifique n’ayant été notée pour les victimes de l’Abbaye, il est très probable que la dépouille de Montmorin ait fini là.