Il se plongea avec acharnement dans l’écriture. Il mit cinq ans pour mener à terme son projet, trois fois abandonné, de retracé le douloureux roman de sa passion pour Elisa Schlésinger : l’Education sentimentale, parue en 1869, dont l’échec à sa sortie lui causa une immense déception. Vint une série de deuils qui assombrit ses dernières années : Louis Bouilhet (1869), Jules de Goncourt (1870), sa mère (1872) et George Sand (1876). L’insuccès de la Tentation d’Antoine (1874) n’arrangea pas son moral. Il déversa alors toute son amertume dans Bouvard et Pécuchet qui lui imposa d’écrasantes recherches et qu’il laissa inachevé.
Heureusement, la parution de son recueil Trois contes en 1877, salué unanimement comme un chef-d’œuvre, vint adoucir sa fin de vie.
Flaubert vivait à Croisset en célibataire servi simplement par une domestique. Sujet à des crises nerveuses depuis 1843, il tombait alors en syncope et restait écrasé de lourds sommeils. Lorsqu’il fut victime de la crise d’apoplexie qui l’emporta, on crut à l’un de ses états léthargiques. Le soir de sa mort Guy de Maupassant était accouru et l’avait trouvé encore sur le divan de son cabinet. Maupassant prévint Emile Zola que la nouvelle assomma. Il se rendit aux obsèques où étaient présents Edmond de Goncourt, Alphonse Daudet, etc.. Croisset était alors un simple groupe de maisons, bâties au bord de la Seine, et qui dépendaient de la paroisse de Canteleu où eut lieu le service funèbre. Puis, il fallut gagner le cimetière Monumental de Rouen distant de sept kilomètres.
Bien tristes funérailles que les siennes.
Beaucoup de parisiens, dont la présence aurait compté étaient absents. Mais ce qui choqua profondément Zola : « ce qui est inexplicable, ce qui est impardonnable, c'est que Rouen, Rouen tout entier n'ait pas suivi le corps d'un de ses enfants les plus illustres. On nous a répondu que les Rouennais, tous commerçants, se moquaient de la littérature. . Cependant, il doit y avoir dans cette grande ville des professeurs, des avocats, des médecins, enfin une population libérale qui lit des livres, qui connaît au moins Madame Bovary ; il doit y avoir des collèges, des jeunes gens, des amoureux, des femmes intelligentes, enfin des esprits cultivés qui avaient appris par les journaux la perte que venait de faire la littérature française. Eh bien ! Personne n'a bougé ; on n'aurait peut-être pas compté deux cents Rouennais dans le maigre cortège, au lieu de la foule énorme, de la queue de monde que nous espérions. Jusqu'aux portes de la ville, nous nous sommes imaginés que Rouen attendait là, pour se mettre derrière le corps. »
Au cimetière, selon la volonté de Flaubert, il n’y eut pas de discours. Au moment de descendre le cercueil dans le caveau, celui-ci se révéla trop petit et le cercueil resta bloqué la tête en bas. Malgré les efforts des fossoyeurs, rien n’y fit. Devant se spectacle affligeant, des voix s’élevèrent de l’assemblée bouleversée pour dire « Assez, assez, attendez plus tard.»
« Nous sommes partis, abandonnant là notre «vieux», entré de biais dans la terre. Mon cœur éclatait. » Emile Zola.
Gustave Flaubert repose auprès de sa mère, son père et sa sœur Caroline. A côté de la sépulture familiale, se trouve la tombe du poète Louis Bouilhet, ami d’enfance du romancier.