A la mort de Sigebert, Gontran, ayant enterré tous ses fils légitimes et illégitimes, adopta son neveu Childebert II et prit aussi les armes contre Chilpéric. S’il fut le témoin de ces massacres familiaux, il mourut toutefois avant d’en connaître la conclusion.
Brunehaut, à la mort de son mari, puis à celle de son fils, se retrouva à la tête de l’Austrasie. Se sentant en danger, elle s’exila à Rouen où Mérovée, un fils de…Chilpéric l’épousa. Scandale, car Mérovée se trouvait être son neveu par alliance. L’Eglise interdisant les mariages entre parents, leur union fut frappée de nullité. De toute façon, le problème se résolut très vite puisque Chilpéric arrivait à brides abattues.
Quand ce dernier trouva le couple, fils ou pas fils, il fit tonsurer puis assassiner Mérovée. Et Brunehaut ? On ne sait si Chilpéric fut charmé par la belle, mais il la libéra à la plus grande rage de Frédégonde qui, pour le coup, fit éliminer ce cœur trop sensible: c'est tout du moins une des versions possibles de la mort de son mari.
Il faisait déjà nuit quand Chilpéric mit pied à terre après une épuisante journée de chasse en forêt de Chelles. A ce moment précis, un homme sortit de l’ombre et le poignarda. « Le Néron et l’Hérode de notre temps », comme le qualifiait Grégoire de Tours, était mort. A cette nouvelle, l’évêque de Senlis, Malluf, se rendit près du corps qu’il lava, « revêtit de ses meilleurs vêtements et ayant passé la nuit à chanter des hymnes, il le déposa dans un navire… ». Malluf accompagna la dépouille jusque l’église Saint-Vincent (actuelle église Saint-Germain-des-Prés) où il y fut inhumé pendant que Frédégonde attendait un peu plus loin.
On a beau être charitable, au regard de l’ensemble de son œuvre, il est difficile de trouver des qualités au personnage. Toutefois, certains prétendent que ce roi, faible face aux rets de la terrible Frédégonde, était aussi un homme fort curieux et cultivé, ce qui, finalement, n’a rien d’antinomique.
L'emplacement de son assassinat est connu sous le nom de « pierre de Chilpéric », ou « Croix de Sainte-Bautheur » ou « borne de Chilpéric » près de Chelles.