Il est évident qu’une telle puissance, à laquelle n’était pas étrangère un don familial pour les manœuvres, ne pouvait que susciter des jalousies et inquiéter. S’étant intelligemment rapproché d’Henri II quand il n’était que dauphin, ayant fini par obtenir la fonction de grand chambellan tant convoitée, l’ensemble de la famille allait profiter de ses bienfaits quand il devint roi.
Grand rival d'Anne de Montmorency, excellent homme de guerre, il accompagna Henri II dans ses campagnes contre les Impériaux, organisa la résistance de Metz assiégée par Charles Quint, etc. S’affirmant grand capitaine, c’est ainsi que de batailles glorieuses en louanges, l’image des Guise va se graver dans le collectif populaire comme celle de véritables héros. Cette estime explique, entre autres, comment certains de ses rejetons réussirent à s’allier tant de sympathie dans les années à venir.
Gérant les affaires militaires sous le bref règne de François II, il fut écarté du pouvoir à l’avènement de Charles IX. Opposé à la nouvelle politique de tolérance menée par Catherine de Médicis, le 1er mars 1562, alors qu’il rejoignait ses terres de Champagne, il provoqua un massacre à Wassy au cours duquel une trentaine de protestants fut tuée et une centaine blessée. Ce massacre provoqua une prise d’armes des protestants et déclencha la première des guerres de religion.
Blessé à l’épaule par un gentilhomme protestant, Jean Poltrot de Méré, lors du siège d’Orléans, il mourut quelques jours plus tard à Saint-Hilaire-Saint-Mesmin.
Quant à son meurtrier, il fut condamné à l’écartèlement comme régicide, ce qui démontre bien la position exceptionnelle du duc dans le royaume.
Bien qu’innocenté officiellement d’avoir fomenté ce crime, l’amiral de Coligny resta dans l’esprit de vendetta de la famille du défunt.
Après des funérailles à Notre-Dame de Paris qui furent tout autant à la hauteur de son prestige, sa dépouille prit le chemin du fief familial de Joinville où elle fut inhumée dans la collégiale Saint-Laurent, chapelle du château de Joinville.
En 1792, sa sépulture fut profanée et ses restes déposés dans le cimetière communal de Joinville avec ceux des autres membres de la famille.
En 1841, à l’initiative de Louis Philippe Ier, et avec le concours de la ville de Joinville, la tombe familiale fut recouverte d'une dalle, élément provenant du tombeau de son père. Une plaque, liste les personnes extraites de leurs cercueils de la collégiale, est posée contre la sépulture commune.