Sous l’Occupation, tant par les origines juives de Lisette que par la liaison persistante qu’entretenait Brinon avec sa secrétaire, le couple tendit à se désunir. Déclarée « aryenne d’honneur »* ce qui la protégea, elle rejoignit son mari à Sigmaringen. Arrêtée à la Libération, la justice la mis hors de cause.
Elle entretint ensuite une amitié amoureuse intense avec un autre collaborateur : Jacques Benoist-Méchin, miraculé du peloton d’exécution, qui trouva auprès de son hôtesse chaleureuse.
Comme le relève son fils, Bernard Ullmann, dans la biographie qu'il lui a consacrée : « Elle recherchait de préférence la compagnie des gens plus jeunes qu'elle -les hommes surtout, homosexuels souvent, mais pas exclusivement... Jusqu'au bout, Lisette est restée une femme de passion ».
Lisette de Brinon mourut à l’hôpital Simone Veil de Montmorency, près de la maison de retraite où elle résidait, elle fut inhumée au cimetière communal de Nemours où elle avait passé une partie de sa jeunesse.
*Expression de langage qui ne figurait pas explicitement dans le Statut des Juifs, il est possible qu’elle ait été appliquée aux bénéficiaires de l'article 8, qui prévoyait que « Par décret individuel pris en conseil d'État et dûment motivé, les juifs qui, dans les domaines littéraire, scientifique, artistique, ont rendu des services exceptionnels à l'État français, pourront être relevés des interdictions prévues par la présente loi. Ces décrets et les motifs qui les justifient seront publiés au Journal officiel. « Le présent certificat exempte Madame de Brinon, née Franck, Jeanne-Louise, née le 23-6-1896, à Paris, domiciliée actuellement au château de la Chassagne, par Felletin (Creuse), des mesures réglementant le port de l'étoile juive, telles qu'elles ont été fixées le 29-5-1942, par la 8e ordonnance réglant le statut des Juifs.
La présente a effet immédiat et reste valable jusqu'au 31 août 1943, et permettra à Madame de Brinon d'établir, avec certificat, son ascendance. [archives du CDJC/ Centre de documentation juive contemporaine]