Son objectif était de faciliter la promotion d’officiers républicains qui, selon lui, avaient été défavorisés dans leur avancement et qui ne s’opposaient pas au gouvernement. Très vite, le ministère recourut au Grand Orient de France qui avait l'avantage de disposer de loges dans toutes les villes de garnison. Ces renseignements étaient fournis au ministère sur des fiches, d'où le nom donné à l’affaire des fiches qui s’inscrivit dans la suite de l'affaire Dreyfus. Ce fichage des officiers et des fonctionnaires fut imaginé comme un bon moyen « d'assainir » les institutions et particulièrement l'institution militaire. Ce système parallèle fonctionna discrètement pendant un peu plus de trois ans.
Il entama aussi des réformes qui, bien très critiquées à l’époque, ne furent pas remises en cause par ses successeurs.
En pleine tourmente dreyfusienne, c’est lui, qui avec beaucoup de détermination et de courage, mit un terme à ce scandale judiciaire en menant, au sein du ministère de la Guerre, une "enquête personnelle" pour savoir sur quelles pièces Alfred Dreyfus avait été condamné à la déportation à perpétuité. En quelques semaines, il découvrit que Dreyfus avait été condamné au vu de documents inventés ou falsifiés, et que certains, favorables à l'accusé, n'avaient pas été fournis au conseil de guerre. Il put ainsi démontrer que les soi-disant "aveux" de sa culpabilité le jour de sa dégradation avaient été purement et simplement inventés. Fort de ces découvertes, il demanda et obtint, non sans difficultés, que ces éléments nouveaux soient transmis à la Cour de cassation. Pour lui, l'honneur de l'armée nécessitait qu'elle reconnaisse ses erreurs dans l'Affaire.
Lorsque le 28 octobre 1904, il fut révélé que le ministère de la Guerre prenait avis du Grand Orient pour des nominations d'officiers, le scandale fut énorme. Le 4 novembre, lors d’un débat houleux à l’Assemblée, la preuve de la responsabilité de Louis André fut présentée. Giflé en pleine séance par Gabriel Syveton, Louis André démissionna de son ministère et se retira des affaires publiques.